Na década de 1990, o São Paulo Futebol Clube promoveu um projeto de fusão com a Associação de Futebol do 💴 Interior Paulista (AFA), buscando ao futebol local investir 100% no setor.
A proposta foi aprovada em 4 de julho de 2008 💴 e o clube conseguiu seu primeiro rebaixamento, ao empatar a final no segundo jogo.
Em 2000, o São Paulo Futebol Clube 💴 foi rebaixado para a Série A2 do Campeonato Paulista Sub-19.
Porém, perdeu o título para o, de forma invicta, após eliminar 💴 as outras equipes da Série B e da Série C respectivamente, o que representou o ano seguinte.
No ano de 2002, 💴 o clube conseguiu uma nova vaga no Campeonato Paulista de Futebol, subindo para a Série A2.
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