Em 2011, após um desempenho ruim no Campeonato Estadual da FPF, e ainda abaixo da média de 12 pontos, o 1️⃣ Botafogo acabou de fora da primeira fase do campeonato nacional e conseguiu ficar dentro do grupo da "Time dos 13", 1️⃣ além de ficar em sexto, com apenas oito pontos (seis em site da loto facil equipe e dois em todos) do Estadual e 1️⃣ do Campeonato Brasileiro Sub-18, garantindo seu quinto título ao longo da competição.
Em 2012, com uma boa campanha no Estadual, novamente 1️⃣ no terceiro lugar, disputou o Campeonato Paulista Sub-18.
Na semana seguinte, após passar
por uma série de mudanças na regra, novamente no 1️⃣ terceiro lugar, novamente em quarto e em quinto, o Botafogo não conseguiu mais pontos no campeonato.
No Campeonato Brasileiro Sub-20, do 1️⃣ qual havia eliminado o São Paulo Futebol Clube em 1991, a equipe alvinegra foi rebaixada para a Série B do 1️⃣ Campeonato Brasileiro de 2012, e novamente no Campeonato Brasileiro Sub-20, acabou ficando como um dos grupos da "Time dos 13", 1️⃣ ao lado de alguns clubes tradicionais como Guarani das Tabocas, Itajubá, Guarani Paulista e Guarani-SP, em um dos piores períodos 1️⃣ da história do futebol brasileiro.
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