No segundo semestre de 2009 já era o melhor jogador do campeonato nacional, conseguindo chegar a disputar o Brasileirão e ♣ o Campeonato Brasileiro.
No final daquele ano o time teve que abandonar o futebol profissional no início de 2010 Em 2012 ♣ o clube passou mal e acabou sendo rebaixado para a Série C do Brasileirão, onde o time ficou até 2016, ♣ Durante a Série C de 2015 o clube foi promovido do hexagonal final para a Série A3,
onde ficou até 2017, ♣ Depois de uma boa campanha no campeonato 2011 o time não participou do campeonato e, junto com o Santa Cruz, ♣ foi rebaixado para a Série B no ano seguinte.
Em 2013 o Santa Cruz participou da segunda divisão do campeonato de ♣ 2014, além de ter que disputar uma competição de playoffs.
Em 2015 o Santa Cruz acabou sendo rebaixado para a Série ♣ A2.
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